یکی از مهم‌ترین مراحل درمان مشکلات استخوان‌ها، مفاصل و دیگر بافت‌های اندام استفاده از فیزیوتراپی است و مهم‌ترین اقدام فیزیوتراپ کمک به افزایش دامنه حرکات مفاصل و افزایش قدرت عضلات آن است. انجام این مهم با استفاده از نرمش‌های خاصی صورت می‌گیرد. دسته‌ای از این نرمش‌ها که برای افزایش دامنه حرکتی مفاصل کاربرد دارند حرکات کششی هستند. حرکات کششی که در فیزیوتراپی برای بهتر کردن دامنه حرکتی مفصل و کاهش خشکی آن‌ها انجام می‌شود ممکن است دردناک باشد. وقتی این حرکات در آب گرم انجام شوند تحمل بیمار بیشتر شده و احساس درد ناشی از حرکت مفصل کم می‌شود. در این حالت می‌توان مفاصل بیمار را بیشتر و بهتر حرکت داده و نتیجه آن افزایش سریع‌تر و بهتر دامنه حرکتی مفاصل می‌باشد.

کمک دیگر آب مقاومت آن در مقابل حرکت اندام است. وقتی فرد در آب غوطه‌ور شده و سعی می‌کند اندام خود را حرکت دهد مقاومت آب را در مقابل حرکت اندام حس می‌کند. این مقاومت مفید است. مقاومت در مقابل حرکت اندام می‌تواند به تقویت بیشتر عضلات آن کمک کند. درست مانند کسی که برای تقویت بیشتر عضلات خود از وزنه استفاده می‌کند. با این تفاوت که مقاومت آب ملایم‌تر از وزنه است؛ می‌توان آن را با تغییر سرعت حرکت اندام کم و زیاد کرد؛در همه جهات وجود دارد؛ همراه با گرما است و بنابراین آستانه تحمل بیمار را بیشتر می‌کند.

در بسیاری از بیماری‌های سیستم حرکتی تقویت عضلات اندام می‌تواند درد بیمار را تا حدود زیادی از بین ببرد. به‌طور مثال در کمردرد تقویت عضلات ستون مهره و شکم و در بسیاری از دردهای زانو تقویت عضلات چهار سر ران می‌تواند درد بیمار را به‌طور محسوسی کاهش دهد. انجام حرکات نرمشی تحت نظر مربی آب درمانی در آب می‌تواند به این امر مهم کمک فراوانی کند.

در آرتروز مفاصل ران و زانو، اسپوندیلیت انکیلوزان، کمر درد و آسیب‌های بافت عضلانی، فلج اندام ها و … با استفاده از آب درمانی درد بیمار کاهش یافته و حرکت مفاصل وی راحت‌تر انجام شده و دامنه حرکات مفاصل افزایش می‌یابد. در آب درمانی اثرات گرما بیشتر و طولانی‌تر بوده، خستگی کمتر و حرکات نرم‌تر صورت می‌گیرد. تعداد عضلات فعال و مفاصل متحرک نیز بیشتر هستند. قبل از شروع درمان، باید درجه حرارت بدن بیمار و وضعیت اندام‌ها و بدن او از نظر وجود تورم، زخم باز، رنگ پوست مورد بررسی قرار گرفته و نحوه درمان او توسط مربی آب درمانی شرح داده شود.

از دیگر فواید غیرمستقیم حرکت در آب برای کسانی که مشکل حرکتی دارند و یا دچار ضایعه نخاعی هستند و یا قطع عضو هستند (بخصوص در افرادی که صدمه نخاع دیده‌اند) عدم تغییر کل در ستون فقرات می‌باشد. در افراد دچار ضایعه نخاع به علت استفاده بیش از حد از ویلچر و نشستن دراز مدت در آن، انحنایی به‌صورت جانبی در ستون فقرات ایجاد می‌شود (اسکلیوز) که این معضل با حرکت درمانی در آب حل می‌شود زیرا در آب ستون فقرات به حالت کشیده در می‌آید و حرکت دست‌ها در آب به تقویت عضلات ناحیه پشت کمک کرده و از ایجاد اسکلیوز جلوگیری می‌نماید.

این ورزش با ایجاد افزایش گردش خون در ناحیه کلیه‌ها و مثانه از رسوب مواد معدنی به شکل سنگ در کلیه‌ها و مجاری ادرار جلوگیری نموده و تخلیه بهتر مثانه را سبب می‌شود.

حرکت در آب ، حجم تنفسی ریه را بالا برده، از تجمع ترشحات و خلط در ریه و ایجاد عفونت در آن جلوگیری کرده و با تنفس بهتر، سلامت بیشتر ریه‌ها را تضمین می‌نماید. لازم به تذکر است که آب به دلیل برخی خواص فیزیکی نظیر چسبندگی، شناوری، فشار و غلظت (ویسکوزیته) اثرات بسیار مفیدی در انجام حرکات ورزشی دارد و از این خواص در دستگاه‌های هیدروتراپی استفاده می‌شود. در هیدروتراپی عمومی معمولا” از استخر یا وان‌های پروانه‌ای شکل استفاده می‌گردد. در حالی که در هیدروتراپی موضعی از وان‌های کوچک و یا وان گردابی استفاده می‌شود. برخی از دستگاه‌های آب درمانی به گونه‌ای طراحی شده‌اند که می‌توانند آب را با فشار زیاد به اندام‌ها بپاشند و یا حالت گردابی در آب ایجاد نمایند. در این حال علاوه بر استفاده از اثرات حرارتی آب، از اثرات میکانیکی آن نیز بهره برد. حالت گردابی آب همچون ماساژ عمل می‌کند و از طریق تحریک اعصاب حسی سبب تسکین دردهای موضعی و بهبود گردش خون می‌شود. در آب درمانی مدت استفاده از آب و تعداد جلسات درمانی، شدت تمرینات، متناسب با شدت بیماری و شرایط جسمی و روانی بیمار توسط مربی آب درمانی در یک برنامه تمرینی نوشته و تنظیم می‌شود و درمانگرمطابق آن برنامه با نظارت متخصص آب درمانی تمرینات را در آب انجام می‌دهد.